Pada masa ini, Malaysia mempunyai sebanyak tujuh (7) pelabuhan Persekutuan utama iaitu Pelabuhan Klang, Pelabuhan Johor, Pelabuhan Tanjung Pelepas, Pelabuhan Kuantan, Pelabuhan Pulau Pinang, Pelabuhan Bintulu dan Pelabuhan Kemaman. Selain itu, pelabuhan-pelabuhan di Sabah dan Sarawak adalah tertakluk kepada bidang kuasa Kerajaan-Kerajaan Negeri yang berkenaan.